Tot 2009 had de Universiteit voor Humanistiek een aparte wettelijke status, namelijk die van een bijzondere aangewezen instelling. Zij werd erkend en gefinancierd door de overheid, maar was geen openbare universiteit. De universiteit was een bijzondere aangewezen universiteit op levensbeschouwelijke grondslag, omdat zij de ambtsopleiding vanwege het Humanistisch Verbond verzorgde. In 1991 was de universiteit krachtens artikel 218 van de Wet op het Wetenschappelijk Onderwijs (WWO) als zodanig aangewezen. De universiteit werd vanaf 1988 grotendeels bekostigd door het Rijk. (Zie ook De aanvraag bleek een ingewikkelde procedure.)
In 2009 werd de Wet op het hoger onderwijs en wetenschappelijk onderzoek (WHW) gewijzigd en de status van aangewezen universiteiten afgeschaft. Vanaf dat moment werd de formele status die van levensbeschouwelijke universiteit. Als gevolg van de wetswijziging was de aanwijzing van de universiteit op grond van het ambtskarakter van haar opleiding niet langer relevant voor de bekostiging van de opleiding. Dat had gevolgen voor de relatie met het Humanistisch Verbond. Het Verbond en de universiteit konden vanaf 2009 naar eigen inzicht invulling geven aan hun onderlinge relatie. De minister mengde zich daar niet langer in, zolang de kwaliteit van de opleiding maar niet in gevaar kwam.
Commissievoorzitter prof. dr. Marcel Barnard
Om de gevolgen van de relatie van de universiteit met haar zendend genootschap (het Humanistisch Verbond) te doordenken, werd een commissie benoemd die beide besturen moest adviseren over een nieuwe invulling van de onderlinge relatie. Prof. dr. Marcel Barnard, hoogleraar liturgiewetenschap aan de Protestantse Theologische Universiteit, trad op als voorzitter van de commissie.
De inhoudelijke betrokkenheid van het verbond op de opleiding kreeg vanaf 2009 onder andere vorm door vertegenwoordiging in het gestructureerde overleg van de universiteit met de onderscheiden werkvelden (de zogenaamde werkveldoverleggen). De bestuurlijke relatie tussen verbond en universiteit bleef ongewijzigd: de leden van het bestuur van de Stichting Universiteit voor Humanistiek – die vanaf toen functioneerde als raad van toezicht in de zin van de WHW – bleven door het hoofdbestuur van het Humanistisch Verbond worden benoemd.